Le Projet "Nanobubbles" : le TAL aide à corriger les erreurs scientifiques

Pour avancer, la science a besoin de corriger ses erreurs. Or, en réalité, il peut être difficile d'effacer des affirmations fausses ou exagérées des publications scientifiques. Le projet multidisciplinaire "Nanobubbles" tente de comprendre comment, quand et pourquoi émergent de telles "bulles"[2]. Focus sur un des piliers du projet : le traitement automatique des langues.

Brisons les "bulles (Image d'illustration) [5]

La publication scientifique en plein essor
Le volume des publications scientifiques a explosé ces dernières vingt à trente années. Cette évolution est dûe à l'évolution des systèmes de traitement de texte et à l'internet, qui facilite la diffusion. L'évaluation des chercheurs en fonction de leur nombre de publications contribue également à ce phénomène. [1]

Les erreurs des publications scientifiques

Causes des erreurs
Parmi les erreurs les plus fréquents on trouve :

• des erreurs de méthodologie dans la conduite des expériences ou de leur analyse
• des erreurs de calcul des meta-analyses
• des conclusions erronées

Une correction des erreurs défaillante
L'examen par les pairs (peer-review), a comme objectif d'identifier et d'éliminer ces erreurs. Or, force est de constater, qu'un certain nombre de publications passent au travers les mailles de cette phase de validation, qui est une activité non-rémunérée. De plus, faute de processus de correction établis et fluides, les éditeurs ne favorisent pas non plus la correction post-publication [4].

La menace de l'émergence d'une "bulle" d'erreurs
Des publications contenant des erreurs risquent alors d'être réutilisées comme référence à l'élaboration d'autres publications scientifiques et d'être partagées et cascadées via divers canaux, jusqu'à former une véritable "bulle" d'erreurs. A ce stade, l'information erronée a pris l'apparence d'une vérité établie. Ces "bulles" peuvent potentiellement induire des mauvaises décisions dans l'industrie, en médecine et en politique [4].

Le projet "Nanobubbles"

Un projet interdisciplinaire
Le projet "Nanobubbles" qui devra s’étaler de fin 2020 à 2025, réunit des spécialistes des sciences naturelles, l’ingénierie, sciences sociales et humaines. Il bénéficie d’un financement à hauteur de 8,3 M€ attribué par le European Research Council Synergy Grant [2].

Son objectif est de comprendre les mécanismes précis conduisant à l’émergence des bulles d’erreurs de la publication scientifique, comment on peut les corriger et quels obstacles s'y opposent. [4]

Le projet cible le domaine des nanobiologies [d’où il tient son le nom]. Ce domaine interdisciplinaire ayant émergé vers l’année 2000 a connu plusieurs épisodes de publications exagérées et erronées. Trois "bulles" d’information erronées serviront de cas d'étude :

• Les nanoparticules sont capables de traverser la barrière sang-cerveau.
• Des protéines sont absorbées à la surface des nanoparticules.
• Les nanoparticules sont capables de pénétrer la membrane des cellules.

Le projet analyse la circulation de publications contradictoires sur ces trois sujets en se basant sur les travaux des laboratoires, des conférences, des revues (support papier puis numérique), des  pré-publications et des réseaux sociaux, depuis 1970 jusqu’à aujourd’hui [2].

Le traitement automatique des langues : un pilier important du projet
L'analyse d'un tel volume de publications, nécessite l'optimisation de ce processus. C'est là que le traitement automatique des langues entre en jeu.

Ce pilier a été confié à  M. Cyril Labbé, spécialiste en science informatique de la détection des erreurs et de leur propagation dans la littérature scientifique et maitre de conférences à l’Université de Grenoble. Différentes techniques seront employées au cours du projet : 

• le développement d’algorithmes capables d’identifier une idée avancée (ou son contraire), à travers l’identification des entités nommées et l’extraction des triplets RDF (les relations entre deux entités nommées)
• l'argument mining, qui consiste à extraire des arguments avancés dans un texte, pour supporter une affirmation
• le machine learning et les réseaux de neurones

Ces techniques seront mise en oeuvre à l'aide de divers logiciels, tels que  "Scite » ou  « Seek and Blastn Tool ». Cet outil, développé par M. Labbé lui-même, permet  d'extraire automatiquement les séquences de nucléotides (1), décrites dans un texte, de comprendre l'argument avancé (2), puis de valider ou invalider sa véracité (3).

 

D'autres outils devront être développés au cours du projet [1].

Schéma fonctionnel du "Seek and Blastn Tool" [3], p.5

Conclusion

Le projet « Nanobubbles » montre, comment le traitement automatique des langues, en synergie avec d’autres disciplines permet de faire avancer la science. Il devra permettre d'initier un dialogue avec la communauté des nanobiologistes. Les scientifiques prévoient également une application des retombées du projet à d’autres domaines tels que la biologie synthétique et l’intelligence artificielle [2].

Bibliographie

[1] LOUIS, Nicolas: Détecter des erreurs scientifiques grâce à l'intelligence artificielle. Les Techniques de l'Ingénieur. 28/12/2020  [consulté le 01/02/2021] <https://www-techniques-ingenieur-fr.proxybib-pp.cnam.fr/actualite/articles/detecter-des-erreurs-scientifiques-grace-a-lintelligence-artificielle-87469/>

[2] BOURGIGNON, Jean-Pierre : How, when and why does science fail to correct itself ?. European Union's Research Council [ERC]. 05/11/2020  [consulté le 01/02/2021] <https://erc.europa.eu/news-events/magazine/erc-2020-synergy-grants-examples/>

[3]  LABBE, Cyril, GRIMA Natalie, GAUTIER Thierry, FAVIER, Bertrand, BYRNE, Jennifer.  Semi-automated factchecking of nucleotide sequence reagents in biomedical research publications : The Seek & Blastn tool. PLoS ONE, Public Library of Science, 2019, 14 (3),pp.e0213266. ff10.1341/journal.pone.0213266ff.ffhal-02057023f. Gouvernement Français. Portail d'information [consulté le 01/02/2021]. déposé sous licence Créative commons.< https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02057036/document> 

[4] ALLISON, David B., BROWN, Andrew W., GEORGES, Brandon J., KAISER, Kathryn A.L. Mistakes in opeer-reviewes papers are easy to find but hard to fix. Nature. 03/02/2016 [consulté le 01/02/2021] <https://www.nature.com/news/reproducibility-a-tragedy-of-errors-1.19264>

[5] WILLGARD :  soap bubbles [image] . Pixabay  14/11/2020 [consulté le 14/11/2020]. déposé sous licence Créative Commons. <https://pixabay.com/photos/soap-bubbles-bird-burst-fantasy-3550705/>

L'Institut des Systèmes Complexes publie une série de cartographies interactives d'études liées au Covid-19[1] grâce à la plate-forme Gargantext.

Gargantext[2] est une plateforme web collaborative, développée en open source par l'Institut des Systèmes Complexes Paris Ile de France (ISC-PIF). Elle permet l'exploration de gros volumes de documents non structurés à partir de son moteur de traitement automatique des langues et de puissants outils de visualisation de données. 

Gargantext a été créé au sein de l'ISC-PIF[3], par une équipe réunie autour d'un noyau de chercheurs et de développeurs tels que David Chavalarias directeur de l'ISC-PIF, le sociologue/développeur Alexandre Delanoë[4] et le développeur Simon Murail. L'initiative associe l'ISC-PIF et le Centre d'Analyse des Mathématiques Sociales. Elle est financée par École des Hautes Études en Sciences Sociales, l’École des Mines, ParisTech, l'Institut Pasteur, et l'Institut Mines Telecom[5].

Curieuse discipline que celle de l'étude des systèmes complexes. Un article paru dans la revue Hermès en 2011 et cosigné par des chercheurs de l'Institut des Systèmes Complexes de Lyon, Éric Bertin, Guillaume Beslon, Olivier Gandrillon, Sébastian Grauwin, Pablo Jensen et Nicolas Schabanel, définit la raison d'être de leur institut de la manière suivante:

« Nous appellerons « complexe » une approche qui vise à comprendre comment la dynamique d'interaction entre des entités micro parvient à créer une unité à un autre niveau d'observation macro. […] Nous défendons l'idée qu'une bonne pratique des « approches complexes » ne peut se faire que dans le cadre d'une interdisciplinarité équilibrée. Or, si l'interdisciplinarité est souvent invoquée par les politiques scientifiques, force est de constater que, dans les faits, les conditions de sa mise en pratique sont loin d'être réunies ; probablement parce que les difficultés de l'interdisciplinarité sont souvent sous-estimées. Au-delà de l'imprécation classique « l'interdisciplinarité passe par la définition d'un langage commun », ce sont l'ensemble des pratiques culturelles qui diffèrent d'une discipline à l'autre.[6] » .
 

Cet accent sur l'interdisciplinarité se retrouve aussi dans la présentation de l'ISC-PIF : « Crée en 2005, L’ISC-PIF est une unité de service et de recherche du CNRS dédiée au développement inter-institutionnel et inter-disciplinaire de la recherche sur les systèmes complexes[7] ».
L'utilisation d'outils cartographiques en adéquation avec l'approche micro/macro, facilite donc l'interdisciplinarité. Elle présente sans distinction de spécialités un ensemble de plus de 6500 études sur les coronavirus, parues depuis les années 2000, classées par thèmes et occurrences retrouvés par les outils de text mining et de natural language processing de Gargantext. David Chavalarias explique ainsi que :

 « En montrant explicitement les liens qui existent entre des termes utilisés par des communautés différentes, ces visualisations peuvent pousser les scientifiques à échanger leurs idées pour avancer. C'est d'ailleurs souvent à l'intersection entre les spécialités que se font les découvertes importantes. Dans ce sens, j'ai réalisé le 5 avril, à partir de près de 17 000 articles publiés là aussi sur les vingt dernières années, une autre carte qui synthétise la recherche sur les antiviraux de manière large. Sur cette carte, le coronavirus est un domaine parmi d'autres et l'idée est de visualiser les recherches qui se font ailleurs (herpès, cancer...) pour éventuellement trouver des réponses propres au Covid-19 [8]».  

Outil de travail bibliographique pour le chercheur, cette carte met en valeur les communautés thématiques des recherches sur le coronavirus. Elle est construite à partir des occurrences de thèmes communs aux différents textes. La taille des points est proportionnelle à la fréquence d'apparition de termes représentatifs du corpus.

Cartographie des recherches liées aux Coronavirus. Crédit: David Chavalarias

Les personnes intéressées par Gargantext pourront trouver ici une présentation de l'outil pour la veille, l'analyse de données brutes et leur organisation sous forme de cartes sémantiques : https://www.istex.fr/wp-content/uploads/2018/12/Pr%C3%A9sentation-de-Gargantext-Mylene.pdf [9].

On trouvera de même, à cette page, un tutoriel pour une utilisation sur les bases de données linguistiques du Crisco : http://crisco.unicaen.fr/dictionnaire-electronique-des-synonymes/actualites-des/lettre-d-actualites-n-7-du-des-novembre-2019--995922.kjsp?RH=1530619460865 [10].

[1] Cartographie des connaissances liées au coronavirus – David Chavalarias Homepage, https://iscpif.fr/chavalarias/?p=1712, consulté le 12 juillet 2020.

[2] Gargantext – Text analytics software from ISC-PIF CNRS, https://iscpif.fr/gargantext/, consulté le 12 juillet 2020.

[3] Institut des Systèmes Complexes de Paris Île-de-France, https://iscpif.fr/, consulté le 12 juillet 2020.

[4] Delanoë Alexandre, 25 novembre 2016, Vidéo : Des outils pour un état de l’art, https://iscpif.fr/2016/11/11543/, consulté le 12 juillet 2020.

[5] Institut des Systèmes Complexes de Paris Île-de-France, About – Gargantext, https://iscpif.fr/gargantext/about/, consulté le 12 juillet 2020.

[6] Bertin Éric, Gandrillon Olivier, Beslon Guillaume, Grauwin Sebastian, Jensen Pablo et Schabanel Nicolas, 2011, « Les complexités : point de vue d’un institut des systèmes complexes », Hermes, La Revue, 2011, n° 60, n^o 2, p. 145‑150.

[7] Institut des Systèmes Complexes de Paris Île-de-France – Un Institut par et pour les chercheurs, https://iscpif.fr/, consulté le 12 juillet 2020.

[8] Bourdet Julien, 2020, Visualiser la recherche sur le coronavirus en un coup d’œil, https://lejournal.cnrs.fr/articles/visualiser-la-recherche-sur-le-coronavirus-en-un-coup-doeil , 22 avril 2020, consulté le 12 juillet 2020.

 La cartographie des essais cliniques est visible à cette page : Chavalarias David, Mapping of Coronavirus Clinical Trials, http://maps.gargantext.org/maps/clinicaltrials/, consulté le 12 juillet 2020.

[9] Leitzelman  Mylène, Présentation de Gargantext, https://www.istex.fr/wp-content/uploads/2018/12/Pr%C3%A9sentation-de-Gargantext-Mylene.pdf, consulté le 12 juillet 2020.

[10] Chardon Laurette, 2019, CRISCO - Université de Caen Normandie - Lettre d’actualités n°7 du DES, UNICAEN, http://crisco.unicaen.fr/dictionnaire-electronique-des-synonymes/actualites-des/lettre-d-actualites-n-7-du-des-novembre-2019--995922.kjsp?RH=1530619460865, novembre 2019, consulté le 12 juillet 2020.

Les Journées Nationales de la Science Ouverte (JNSO 2019), 2e édition.

Paris accueille du 18 au 19 novembre 2019 les deuxièmes JNSO, une manifestation qui mettra en perspective l'année de 2019 en France, et soulignera les actions mises en place à l'échelle nationale, européenne, et internationale en ce qui concerne la libre diffusion des publications et des données de la recherche.

A l'initiative du Comité pour la Science Ouverte (CoSO), les Journées Nationales de la Science Ouverte 2019 (JNSO 2019), se dérouleront au Centre International de Conférences Sorbonne Universités (CICSU) à Paris. Créé dans le cadre du Plan national pour la science ouverte, le CoSO, par l'entremise son instance de pilotage opérationnelle (Copil SO), doit assurer la mise en œuvre de la politique de soutien à l'ouverture des publications et des données de recherche [1]. Si les premières journées (JNSO 2018) ont eu lieu sur trois (3) jours, du  4 au 6 décembre 2018, ces deux journées de manifestation ne seront pas pourtant  moins intenses. Un état d'avancement de la mise en œuvre du Plan national, un an après sa publication sera présenté, des activités réalisées au cours de l'année seront mises en perspective. Notamment celles qui ont également contribué de donner à la France une forte visibilité sur la scène internationale dans ce domaine. Citons, entre autres, la 10e conférence du COAR à Lyon [2]; la conférence d'ElPub [3] ) à Marseille; et l'Assemblée générale du projet européen OpenAIRE [4], du 9 au 11 décembre prochain à Paris. Une douzaine d'interventions, une table-ronde, et cinq (5) ateliers constitueront le menu des JNSO 2019 avec la participation d'intervenants de différents centres de recherche, universités, et institutions de différents pays.

Conférences, tables rondes, ateliers

Des interventions mettront l'accent sur certaines expériences en faisant ressortir les leçons apprises, les avancées, et les perspectives d'avenir. Paul AYRIS, responsable des services de documentation de l'University College of London, évoquera les initiatives de son institution en matière de science ouverte. Arianna BECCERIL-GARCIA présidente d'AmeliCA [5] présentera cette initiative du Sud pour les pays du Sud (Global), soutenue par l'UNESCO, le CLASCO, et le Redalyc. Il s'agit d'arriver à développer un écosystème coopératif de communication scientifique ouvert, inclusif et soutenable et échappant à l'emprise des grands éditeurs commerciaux. D'autres interventions mettront l'accent de la nécessité de davantage de coordination compte tenu de la pluralité des acteurs, des pratiques et des contextes. D'autant que le développement des technologies numériques continuera à bouleverser la manière de la faire de la recherche. Ainsi, à l'instar du Plan national en France, le Plan S et ses dix principes-clés propose un cadre d'harmonisation des politiques de science ouverte en Europe. Joroen BOSMAN et Bianka KRAMER de l'Université d'Utrecht aux Pays-Bas devront présenter les différentes options offertes aux parties prenantes (chercheurs, éditeurs, bailleurs de fonds, et établissement) pour une mise en conformité à ce plan élaboré en septembre 2018 (et dont  la nouvelle version  jugée plus réaliste a été publiée en mai 2019 [6]). Sans modifier toutefois l'ambition d'accélérer l'édition scientifique en libre accès. La table ronde qui a lieu le jour de l'ouverture de la conférence discutera de l'évaluation de la recherche scientifique en situation de science ouverte. Tandis que les cinq ateliers clôtureront les JNSO 2019. Les échanges, à visée pratique et opérationnelle, dans ces groupes de travail porteront sur les thèmes suivants:   

• Rédiger un Plan de Gestion de Données (PGD)
• Fairisation des entrepôts de données
• Comment structurer une communauté autour de données? et la vôtre?
• Aspects juridiques de la gestion et du partage des données
• Logiciels et Science ouverte: enjeux et opportunités.

Les intéressés pourront suivre les JSNO 2019 en direct (avec traduction simultanée en français et en anglais) en cliquant ici.

[1] Missions du Comité pour la Science Ouverte
https://www.ouvrirlascience.fr/presentation-du-comite/
Consulté, le 14/11/2019
[2] Rapport de la 10e rencontre annuelle du COAR à Lyon en mai 2019
https://www.coar-repositories.org/news-updates/report-from-the-coar-annual-meeting-2019/
Consulté le 13/11/2019
[3] Portail  de la 23e Conférence
https://elpub2019.hypotheses.org/
Consulté le 13/11/2019
[4] Mission du projet OpenAire
https://www.openaire.eu/mission-and-vision
Consulté le 13/11/2019
[5] AmeliCA
 http://amelica.org/index.php/que-es-ameli/
Consulté le 13/11/2019
[6] INSERM
https://www.inserm.fr/actualites-et-evenements/actualites/open-access-nouvelle-version-plan-plus-realiste-et-applicable
Consulté le 14/11/2019

Book sprint "ouvert" pour la science en un temps record

Organisé par l'Unité Régionale de Formation à l'Information Scientifique et Technique (URFIST) de Bordeaux du 15 au 19 avril dernier et sélectionné pour l'édition 2019 des trophées "Talents U", catégorie Recherche & Innovation [1], le book sprint s'est concrétisé en 3 jours et demi. L'occasion pour ce billet de présenter une méthode de co-rédaction au profit de l'Open Science.

Le book sprint ayant pour thème la reproductibilité de la recherche, poursuit le mouvement du plan national pour la science ouverte [2]. A fortiori, le livre est disponible en accès libre sur la plateforme d'archive en ligne HAL [3] et sur un site web [3'].

Book sprint

L'origine du terme vient des "sprints" qui met à profit l'intelligence collaborative pour concevoir un projet informatique dans un laps de temps court, principalement pour développer des logiciels libres de droits. Dans ce contexte, les termes "code sprints"

et "hackathons" s'utilisent fréquemment. Les libérathons et éditathons en sont issus.

Ainsi on définit un book sprint comme étant l'écriture collaborative d'un livre en libre accès rassemblant une communauté de personnes expérimentées autour d'un thème commun dans un délai de courte durée.

Acteurs du projet

• une coordinatrice : également Copy Editor, Sarah Granger est co-pilote du collège "Compétence et formations" du Comité pour la Science ouverte [4].
• une facilitatrice : Elisa de Castro Guerra, membre fondatrice de l'association Floss Manuals francophone ou FMfr [5] ayant pour vocation la publication de livres sous licences libres. 
• cinq co-auteurs chercheurs.
• des contributeurs : documentaliste, bio-informaticien, conservateur des bibliothèques, ingénieur en traitement d'analyses des données, statisticien, dont les noms sont mentionnés en fin d'ouvrage.
• des contributeurs extérieurs, ayant la possibilité de poser des questions, de proposer des suggestions ou des compléments d'informations sur le contenu de l'ouvrage via GitHub.

Le facilitateur ?

Le rôle du facilitateur est déterminant car il veille à la ligne directrice du thème principal.  Il "organise les échanges". Dans son interview [6], la facilitatrice Elisa de Castro Guerra précise l'importance d'avoir une vue d'ensemble du projet afin d'organiser l'événement dans les meilleurs conditions possibles. Il n'y a pas d'entraînement préalable comme un échauffement pour se préparer à la "course", d'où la nécessité d'avoir un facilitateur expérimenté ayant acquis des connaissances en dynamique de groupe.

Panorama des avantages de la méthode Book sprint

• méthode d'écriture sous forme d'échanges
• rédaction rapide pour un gain en productivité
• encouragement de la créativité et de nouveaux dialogues
• possibilité de tester des idées
• développement de sa réflexion
• concentration des énergies
• partage des connaissances
• expérience humaine enrichissante et stimulante
• formation d'un nouveau réseau professionnel
• création d'une communauté autour d'un thème spécifique
• renforcement du lien social

Le contenu

Le livre définit les moyens mis en oeuvre en faveur de la fiabilité des processus de production. Il contextualise la recherche reproductible, ces enjeux, quels en sont les causes et les risques entrevus (perte de données, obsolescence des logiciels), comment les éviter (standardisation de la collecte d'information, protocoles à mettre en place, systèmes de workflows scientifiques, conseil de choix de format de fichier ouvert, etc.), comment gérer la traçabilité des activités et vérifier la solidité des résultats. L'analyse est pragmatique et s'appuie sur des personas en fonction des différents domaines de recherche.

Le chapitre 5.2 s'applique à la gestion des données. Il traite de la traçabilité des données bibliographiques par exemple.

Pour celles et ceux qui s'intéressent à la programmation (langages Python ou R) le livre présente de nombreux liens vers des tutoriels, des moods, des ateliers en ligne ou d'autres lectures au chapitre 13.

Pour approfondir les sujets étudiés (open science, reproductibilité de la recherche, book sprint), la bibliographie est composée d'une multitude de liens renvoyant vers des documents de références (guides, conférences, livres, plateformes e-learning, articles).

Rapport à la science ouverte

Le book sprint poursuit la dynamique du plan national de la science ouverte qui encourage à "aller aussi vite que possible" [7]. Cette méthodologie de coédition rapide peut éventuellement s'envisager comme un levier pour alimenter l'ambition. Elle implique l'utilisation de méthodes organisationnelles spécifiques pour lesquelles apparaissent certaines similitudes avec la méthode Agile [8].

Par conséquent, ce book sprint participe à la pérennisation des idées et des processus de création à travers une mémoire collective ("capital immatériel"). Dès lors, ce projet de l'université de Bordeaux s'inscrit à la fois dans un processus de courte durée mais aussi dans une réflexion et un partage perpétuels sur une thématique universelle, le livre demeurant "ouvert" sur la plateforme des archives HAL [3] pour une diffusion auprès du plus grand nombre.

Sources :
[1] Université de Bordeaux. (2019, 30 août)). Trophée "Talents U" 2019 : catégorie recherche & innovation. Consulté le 11 novembre 2019 sur https://www.u-bordeaux.fr/Actualites/De-l-universite/Trophees-Talents-U-2019-categorie-recherche-et-innovation#title-book-sprint-sur-la-recherche-reproductible

[2] Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation. (2018). Plan National pour la Science ouverte. Consulté le 11 novembre 2019 sur https://www.ouvrirlascience.fr/plan-national-pour-la-science-ouverte/

[3] Desquilbet, L., Granger, S., Hejblum, B., Legrand, A., Pernot, P. et Rougier, N.P. Vers une recherche reproductible : faire évoluer ses pratiques. Bordeaux : Urfist de Bordeaux, 2019, ISBN : 979-10-97595-05-0. Consulté le 11 novembre 2019 sur https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02144142 et sur : https://rr-france.github.io/bookrr/

[4] INIST-CNRS (s.d.). Le comité pour la science ouverte. Consulté le 11 novembre 2019 sur https://www.ouvrirlascience.fr/presentation-du-comite/

[5] De Castro Guerra, E., Gémy, C. & Dufour, N. (s.d.). FAQ Floss Manuals Francophone. Consulté le 11 novembre 2019 sur https://fr.flossmanuals.net/faq-floss-manuals-francophone/quest-ce-que-floss-manuals-francophone/

[6] Granger, S. (2019, 10 juin). UrfistInfo, Réseau des Urfist. Consulté le 11 novembre 2019 sur https://urfistinfo.hypotheses.org/3280

[7] Comité de la science ouverte (s.d.). La science ouverte en bref. Consulté le 11 novembre 2019 sur https://www.ouvrirlascience.fr/category/science_ouverte/

[8] Beck, K. et al. (2001). Manifeste pour le développement Agile de logiciels. Consulté le 11 novembre 2019 sur https://agilemanifesto.org/iso/fr/manifesto.htm

Image : illustration de Katemangostar sur Freepik

Science ouverte : un fort élan mondial

Le mouvement encourageant le libre accès aux publications scientifiques (Open Access ou Open Science) se fait de plus en plus important. L'accès à l'information scientifique serait une nécessité pour le travail du chercheur et stimulerait l'innovation et la diffusion du savoir. Dans le monde, en Europe, en France, la promotion de la science ouverte est de plus en plus audible.

Depuis les Déclarations de Budapest et de Berlin, de nombreuses initiatives ont vu le jour dans le monde, telle que la Fondation Wellcome Trust au Royaume-Uni [1]. Des portails qui hébergent ou recensent des revues en libres accès, tels Persée, Revues.org, Directory of Open Access Journals (DOAJ), ont également été créés [2]. Ceci malgré des réticences et des tensions de la part des éditeurs, qui ont longtemps détenu l'exclusivité des publications scientifiques [3].

Au niveau européen, le programme Horizon 2020 (H2020) de la Commission européenne (CE), couvrant la période 2014-2020, a pour objectif de favoriser la recherche et l'innovation. L'une des trois priorités de ce programme concerne l'excellence scientifique, l'objectif étant de "promouvoir la recherche fondamentale et ouvrir des voies nouvelles vers les technologies futures et émergentes, en soutenant une recherche collaborative, interdisciplinaire et suivant des modes de pensée novateurs" [4]. Signe d'un engagement fort en faveur de la science ouverte, les projets de recherche financés dans le cadre du programme doivent obligatoirement être déposés en archives ouvertes. 

L'actualité rend compte de deux initiatives européennes importantes : 

- Le projet de la CE de lancer, dans le cadre de H2020, une plateforme ouverte donnant accès aux publications scientifiques issues des travaux qu'elle finance. Cette plateforme répondra aux caractéristiques et principes suivants [5] : 

> gratuité ;

> rapidité de publication ;

> un "examen par les pairs ouvert" (Open Peer Review) ;

> un dépôt volontaire de la part des chercheurs ;

> un accès aux prépublications ;

> l'application d'une nouvelle métrique.

La CE entend, par ce projet, créer une démarche d'incitation pour une science ouverte [6]. Le projet sera confié et mis en œuvre par un prestataire choisi dans le cadre d'un processus, à venir, de passation de marchés publics.

- Le dispositif MLE (Mutual Learning Exercices) sur la science ouverte qui réfléchit autour de deux problématiques [7] : la mise en place de nouvelles métriques pour mesurer l'impact des travaux de recherche (altmetrics), en prenant en compte les nouveaux usages du Web (réseaux sociaux, téléchargement) ; la manière de récompenser les chercheurs œuvrant dans le sens de la science ouverte.

Le souci d'assurer un libre accès à l'information scientifique est largement partagé hors Union Européenne. À titre d'exemple, l'UNESCO soutient et encourage le mouvement, plus particulièrement concernant les travaux ayant bénéficié de financements publics [8]. Avec une particularité : intégrer les pays en développement dans les réflexions et les débats. Pour concrétiser son engagement, l'organisation a mis en place un portail mondial du libre accès (GOAP) [9], permettant notamment aux pays de mieux comprendre comment réussir une politique de libre accès à la recherche scientifique.

En France, l'article 30 de la loi pour une République numérique promulguée le 7 octobre 2016 [10] autorise les chercheurs à déposer leur publication en ligne, 6 mois après la première publication pour le domaine des sciences, de la médecine et de la technique, 12 mois pour le domaine des sciences humaines et sociales [11]. 

À noter pour conclure que le Consortium Couperin organise depuis 7 ans les journées Science ouverte. Les dernières se sont tenues du 22 au 24 janvier dernier, autour de la problématique "100% open access : initiatives pour une transition réussie".

Sources : 

[1] Open access France, Couperin. Politiques nationales et européennes. En ligne sur openaccess.couperon.org : [consulté le 12 février 2018] <http://openaccess.couperin.org/politiques-nationales-et-europeennes/>

[2] Open access France, Couperin. Les revues en libre accès. En ligne sur openaccess.couperin.org : [consulté le 12 février 2018] < http://openaccess.couperin.org/les-lecteurs/>

[3] France Culture. Science Ouverte : pour un meilleur accès aux résultats de la recherche. En ligne sur franceculture.fr. Publié le 26 octobre 2017 : [consulté le 12 février 2018] < https://www.franceculture.fr/emissions/le-choix-de-la-redaction/le-choix-de-la-redaction-jeudi-26-octobre-2017> 

[4] Horizon 2020. Horizon 2020 en un clic. En ligne sur horizon2020.gouv.fr : [consulté le 12 février 2018] <http://www.horizon2020.gouv.fr/cid74427/horizon-2020-clic.html>

[5] Hameau, Thérèse. La Commission européenne met en place une plateforme de publications en libre accès. En ligne sur openaccess.inist.fr. Publié le 8 janvier 2018 : [consulté le 12 février 2018] < http://openaccess.inist.fr/?La-Commission-europeenne-met-en-place-une-plateforme-de-publications-en-libre-acces>

[6] Horizon 2020. La C.E. souhaite lancer une plate-forme ouverte de publications scientifiques. En ligne sur horizon2020.gouv.fr. Publié le 1er février 2018 : [consulté le 12 février 2018] < http://www.horizon2020.gouv.fr/cid125973/la-c.e.-souhaite-lancer-une-plate-forme-ouverte-de-publications-scientifiques.html>  

[7] Bibliothèque Scientifique numérique. Dispositif européen MLE sur la science ouverte – Altmetrics et incitations. En ligne sur bibliothequescientifiquenumerique.fr. Publié le 29 janvier 2018 : [consulté le 12 février 2018] < http://www.bibliothequescientifiquenumerique.fr/dispositif-europeen-mle-sur-la-science-ouverte-altmetrics-et-incitations/>

[8] UNESCO. Libre accès à l’information scientifique. En ligne sur unesco.org : [consulté le 12 février 2018] <http://www.unesco.org/new/fr/communication-and-information/access-to-knowledge/open-access-to-scientific-information/>

[9] UNESCO. Global Open Access Portal. En ligne sur unesco.org : [consulté le 12 février 2018] <http://www.unesco.org/new/en/communication-and-information/portals-and-platforms/goap/ >

[10] Legifrance. Code de la recherche – Article L533-4 créé par LOI n°2°16-1321 du 7 octobre 2016-art. 30. Disponible en ligne sur legifrance.gouv.fr : [consulté le 12 février 2018] < https://www.legifrance.gouv.fr/affichCodeArticle.do;jsessionid=F665AF9001FAB5EB7F35CFB357C4C207.tplgfr38s_2?cidTexte=LEGITEXT000006071190&idArticle=LEGIARTI000033205794&dateTexte=20180210&categorieLien=id#LEGIARTI000033205794> 

[11] Open access France, Couperin. La loi République numérique. En ligne sur openaccess.couperin.org : [consulté le 12 février 2018] < http://openaccess.couperin.org/la-loi-numerique/> 

Pour en savoir plus sur le programme Horizon 2020 :  

Commission européenne. Horizon 2020 en bref. Disponible en ligne sur ec.europa.eu. Publié en 2014 : [consulté le 12 février 2018] <https://ec.europa.eu/programmes/horizon2020/sites/horizon2020/files/H2020_FR_KI0213413FRN.pdf >

 

L'Open Access Week célébrée par les universités à travers le monde

L'université de Cambridge provoque un raz-de-marée sur son site en partageant la thèse du célèbre astrophysicien Stephen Hawking

 Il y a dix jours s'achevait la dixième édition de l'Open Access Week [1]. De nombreuses universités, écoles supérieures, instituts de recherche, bibliothèques et organismes de financement mettent chaque année ces quelques jours à profit pour organiser séminaires, expositions ou tout autre événement dans le but de promouvoir le libre accès.

L'Université de Cambridge a décidé de participer à sa manière, par la publication sur son site de la thèse de Stephen Hawking [2], "Les propriétés des univers en expansion" rédigée en 1966 ; il était alors âgé de 24 ans. 

 L'idée était de porter l'attention sur l'augmentation croissante de la mise en ligne des publications de l'Université. Le projet s'est révélé être un succès, puisque la thèse aurait été téléchargée pas moins de 60 000 fois en à peine 24 heures et aurait fait grimper le trafic du site jusqu'à interrompre complètement l'accès pendant plusieurs heures, d'après un porte-parole de l'Université. Moins d'une semaine plus tard, ce chiffre était monté à 2 millions.

Stephen Hawking espère que ce geste "inspirera d'autres (chercheurs) à faire de même, pas seulement dans le but d'apprendre, mais aussi de partager la recherche". [3]

Cambridge, à l'instar de la plupart des universités dans le monde, participe également de manière plus classique, en organisant toute une série d'ateliers destinés à sensibiliser les chercheurs aux différents aspects de l'Open Access. 

Les scientifiques peuvent ainsi se former sur comment améliorer l'accessibilité et la reproduction de la recherche scientifique ou encore comment repérer un éditeur prédateur. [4]

Pour les plus curieux, la thèse est disponible au format PDF sur  Apollo, le site de dépôt des travaux universitaires de : https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/251038

Sources : 

[1] International Open Access Week Website, [consulté le 9 novembre 2017] http://www.openaccessweek.org/
[2] NOISETTE Thierry, Open access: Cambridge partage ses publications, dont la thèse de Stephen Hawking, ZDNet, rubrique Blogs, 2017-10-29 [consulté le 9 novembre 2017]  http://www.zdnet.fr/blogs/l-esprit-libre/open-access-cambridge-partage-ses-publications-dont-la-these-de-stephen-hawking-39859258.htm
[3] BUSBY Mattha, Stephen Hawking's expanding universes thesis breaks the interne, The Guardian.com, rubrique Science, 2017-10-23 [consulté le 9 novembre 2017]
https://www.theguardian.com/science/2017/oct/23/stephen-hawkings-expanding-universes-thesis-breaks-the-internet
[4] University of Cambridge, rubrique Open Access [consulté le 9 novembre 2017]   https://osc.cam.ac.uk/open-access/open-access-week-2017

Archives ouvertes: un autre pas vers la création du premier réseau mondial a été fait !

Le 8 mai 2017, à l’occasion du meeting annuel de la Confederation of Open Access Repositories (COAR), les représentants de plusieurs réseaux nationaux et régionaux d'archives ouvertes dans le monde entier ont signé un accord international. 

L’open access (ou "libre accès") à la littérature scientifique est un mode de diffusion des articles de recherche sous forme numérique, gratuite et dans le respect du droit d’auteur. De la recommandation à l’obligation, les textes rédigés en faveur d’une politique de libre accès des résultats et données de la recherche issus de fonds publics se multiplient dans le monde entier. Les dispositions prises afin que les auteurs de documents scientifiques les déposent dans des entrepôts en libre accès peuvent varier d'un pays à l'autre.

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La Confederation of Open Access Repositories est une association internationale créée en 2009 dont les objectifs concernent la visibilité et l'amélioration de l’interopérabilité des entrepôts en libre accès. COAR regroupe aujourd'hui une centaine de membres et partenaires représentant les archives ouvertes des bibliothèques, universités, organismes documentaires, organismes de recherche des pays européens ainsi que du Japon, de la Chine, du Canada et des Etats-Unis. COAR est à l’origine de l’initiative "Aligning Repository Networks" démarrée en mars 2014 [1] et qui a comme objectif prioritaire l'alignement des pratiques autour des archives ouvertes dans le monde entier. Cette homogénéité permettrait, en plus d'offrir des contenus agrégés, de créer de nouveaux services à valeur ajoutée.

En 2015 l'adoption des pratiques communes concernant les métadonnées par COAR, LA Referencia [2] et OpenAIRE [3] concrétise la vision partagée par ces organisations: un réseau mondial d'archives ouvertes représente l’infrastructure essentielle pour l’accès libre et durable des chercheurs et citoyens aux résultats et données de la recherche. Ce travail sur les métadonnées utilise les guides d’OpenAIRE et les vocabulaires développés par COAR dans le but d'assurer l’interopérabilité entre les archives latino-américaines et européennes. Dans le respect des différences entre des contextes si divers, la COAR soutient un travail concerté au niveau local et national: "(...) Concentrating efforts at the regional and national level will ensure responsiveness to local needs and contexts, and prevents overlaps and cost redundancies. Sharing metadata across regions ensures comprehensive, global data coverage." [4] 

L’accord international signé à Venise le 8 mai 2017 s'inscrit dans cette vision stratégique: l’amélioration de l'interopérabilité technique et sémantique des réseaux d'archives ouvertes en Afrique du Sud, Amérique latine, Australie, Canada, Chine, États-Unis, Europe, Japon et la création de services à valeur ajoutée sont visés. Les moyens pour atteindre ce double objectif sont de nature normative et technologique - l’adoption de protocoles, normes et standards communs, des API ouvertes, le partage de métadonnées, le transfert de technologies. Les groupes de travail crées au sein de la COAR portent sur le contenu, l’interopérabilité, le soutien et la formation. 

A l'occasion du meeting annuel, l'attention a été portée aussi sur les nouvelles fonctionnalités qui devraient être implémentées par la prochaine génération d'archives ouvertes, afin d'en développer toutes les potentialités.  Selon l'analyse de la COAR "(...) repository platforms are still using technologies and protocols designed almost twenty years ago, before the boom of the Web and the dominance of Google, social networking, semantic web and ubiquitous mobile devices. This is, in large part, why repositories have not fully realized their potential and function mainly as passive, siloed recipients of the final versions of their users’  conventionally published research outputs". [5]

Le groupe de travail COAR "Next Generation Repositories" a donc présenté un certain nombre de scénarios où des nouvelles pratiques ont été considérées : l'examen des archives ouvertes par les pairs, les commentaires par des experts sur le contenu des référentiels, l’intégration des fonctionnalités des réseaux sociaux et la prise en compte de meilleurs workflows pour les utilisateurs finaux. Ces scénarios guideront les recommandations technologiques du groupe de travail, qui devraient être publiées à l'été 2017.

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Pour aller plus loin:

Pour une histoire de l'Open Acces cf. http://openaccess.couperin.org/lhistoire-de-lopen-access/ et, afin d'en suivre l'actualité, cf. http://www.scoop.it/t/open-access-recherche-pour-le-developpement

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Sources:

[1] COAR - Confederation of  Open Acces Repositories - Aligning Repository Networks - https://www.coar-repositories.org/activities/advocacy-leadership/aligning-repository-networks-across-regions/ - consulté en ligne le 1 Juin 2017

[2] LA Referencia (Red Federada de Repositorios Institucionales de Publicaciones Científicas) - lancée en 2012, est le réseau des archives institutionnelles nationales de huit pays d’Amérique latine: Argentine, Brésil, Chili, Colombie, Équateur, Mexique, Pérou et Venezuela. http://slave.lareferencia.info/joomla/en/ - consulté en ligne le 31 mai 2017

[3]  OpenAIRE (Open Access Infrastructure for Research in Europe) - projet financé par la Commission européenne, est une infrastructure visant à mettre en œuvre le libre accès à l’information scientifique à l’échelle européenne, basée sur un réseau d’archives ouvertes. https://www.openaire.eu/ - consulté en ligne le 31 mai 2017

[4] COAR - Aligning Repository Networks: International Accord - https://www.coar-repositories.org/files/2017-Aligning-Repository-Networks-Accord-1.pdf  -  publié le 8 mai 2017 et consulté en ligne le 31 mai 2017 

[5] COAR - Confederation of  Open Acces Repositories - Next Generation Repositories Working Group - https://www.coar-repositories.org/activities/advocacy-leadership/working-group-next-generation-repositories/ - publié le 7 février 2017 et consulté en ligne le 31 mai 2017